根据《中华人民共和国印花税法》附件《印花税税目税率表》，运输合同印花税税率为运输费用的万分之三。
这里的运输合同，是指货运合同和多式联运合同（不包括管道运输合同），像旅客运输合同等不属于印花税的征税范围。此外，像装卸费等，也不包含在运输合同的计税依据。
电子版运输合同是否需要缴纳印花税？
电子运输合同也属于印花税的应税凭证，需要缴纳印花税。
未签订运输合同如何缴纳印花税？
根据《国家税务局关于货运凭证征收印花税几个具体问题的通知》（国税发〔1990〕173号）关于应税凭证的确定，在货运业务中，凡是明确承、托运双方业务关系的运输单据均属于合同性质的凭证。鉴于目前各类货运业务使用的单据，不够规范统一，不便计税贴花，为了便于征管，现法规以运费结算凭证作为各类货运的应税凭证。
因此，未签订运输合同，但是有运费结算凭证的，需要按“运输合同”税目缴纳印花税。
合同既包括运输业务又包括仓储业务，如何计算印花税？
根据《中华人民共和国印花税法》第九条规定，同一应税凭证载有两个以上税目事项并分别列明金额的，按照各自适用的税目税率分别计算应纳税额;未分别列明金额的，从高适用税率。
因此，签订的合同若分别列明货物运输费用和仓储费用的，应适用万分之三、千分之一的税率计算缴纳运输合同印花税和仓储合同印花税；若未分别列明金额的，应从高适用千分之一税率计算缴纳印花税。
