运输发票目前已统一为增值税专用发票，税率为11%。增值税小规模纳税人提供交通运输服务的，征收率为3%。
根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第二条规定，纳税人销售交通运输、邮政、基础电信、建筑、不动产租赁服务，销售不动产，转让土地使用权，销售或者进口下列货物，税率为11%。第十二条规定，小规模纳税人增值税征收率为3%，国务院另有规定的除外。
运输发票停止使用
根据国家税务总局关于停止使用货物运输业增值税专用发票有关问题的公告，为规范增值税发票管理，减并发票种类，方便纳税人发票使用，增值税一般纳税人提供货物运输服务，统一使用增值税专用发票。货运专票在2016年7月1日起停止使用。
发票开具要求
增值税一般纳税人提供货物运输服务，使用增值税专用发票和增值税普通发票，开具发票时应将起运地、到达地、车种车号以及运输货物信息等内容填写在发票备注栏中，如内容较多可另附清单。
运输税收优惠政策
1.一般纳税人提供管道运输服务，对其增值税实际税负超过3%的部分实行增值税即征即退政策。
增值税实际税负超过3%，是指纳税人当期提供应税服务实际缴纳的增值税额占纳税人当期提供应税服务取得的全部价款和价外费用的比例。
政策依据：《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）
2.按月全额退还增值税增量留抵税额政策范围扩大至符合条件的交通运输行业企业（含个体工商户），并一次性退还存量留抵税额。
适用本政策的纳税人需同时符合以下条件：
（一）纳税信用等级为A级或者B级；
（二）申请退税前36个月未发生骗取留抵退税、骗取出口退税或虚开增值税专用发票情形；
（三）申请退税前36个月未因偷税被税务机关处罚两次及以上；
（四）2019年4月1日起未享受即征即退、先征后返（退）政策。
政策依据：《财政部税务总局关于进一步加大增值税期末留抵退税政策实施力度的公告》（财政部税务总局公告2022年第14号）
