企业或组织缴纳的水利建设基金一般按其销售收入或营业收入的比例征收地方水利建设基金，或者按照缴纳增值税、消费税的比例征收，具体征收税率标准由各地政府部门制定。
水利建设基金征收税率多少
一、以福建地区的水利建设基金征收为例，根据《福建省财政厅福建省水利厅国家税务总局福建省税务局关于地方水利建设基金有关事项的通知》（闽财规〔2024〕12号）规定：
征收标准：
（1）工业企业、外贸流通企业按照流转税额的0.9‰缴纳；
（2）银行按上年利息收入的0.5‰，保险公司按上年保费收入的0.5‰，各类信托投资公司、财务公司等非银行金融机构按上年业务收入的1‰缴纳；
（3）其他企事业单位和个体经营者上年销售收入或营业收入的0.9‰缴纳。
二、以内蒙古地区的水利建设基金征收为例，根据《内蒙古自治区财政厅税务局水利厅关于印发自治区水利建设基金筹集和使用管理实施细则的通知》(内财税〔2021〕1055号)第二条规定：
2022年1月1日起，自治区行政区域内以纳税人依法实际缴纳的增值税、消费税税额(以下简称两税税额)为计费依据，乘以具体适用费率计征地方水利建设基金，与增值税、消费税同时缴纳。其中，2022年具体适用费率为1%；2023年起具体适用费率为0.5%。
依法实际缴纳的两税税额，是指纳税人依照增值税、消费税相关法律法规和税收政策规定计算的应当缴纳的两税税额(不含因进口货物或境外单位和个人向境内销售劳务、服务、无形资产缴纳的两税税额)，加上增值税免抵税额，扣除直接减免的两税税额和期末留抵退税退还的增值税税额后的金额。
直接减免的两税税额，是指依照增值税、消费税相关法律法规和税收政策规定，直接减征或免征的两税税额，不包括实行先征后返、先征后退、即征即退办法退还的两税税额。对出口产品退还增值税、消费税的，不退还已征的地方水利建设基金。
三、以西安地区的水利建设基金征收为例，根据陕西省财政厅等四部门关于印发《陕西省水利建设基金筹集和使用管理实施细则》的通知（陕财办综〔2021〕9号）规定：
征收标准：
（一）除村集体所属的单位及个人外，企业事业单位及个人使用水浇地、水田、旱地进行非农建设的，每亩分别一次性征收800元―1000元、500元―700元、300元―500元，使用其他土地每亩一次性征收200元。
（二）银行（含信用社）按利息收入（不含其他收入）的0.5‰，保险公司按保费收入（不含其他收入）的0.5‰，依法设立的非银行金融机构按主营业务收入（不含其他收入）的1‰，其他企业事业单位和个体经营者按销售商品收入和提供劳务收入（指按《企业会计准则》规定计入的经济利益总流入，包括主营业务收入和其他业务收入，但不包括为第三方或者客户代收的款项）的0.8‰缴纳水利建设基金。水利建设基金起征点与增值税起征点相同。水利建设基金可计入成本。
水利建设基金优惠政策
一、普惠性优惠政策
根据《财政部国家税务总局关于扩大有关政府性基金免征范围的通知》(财税〔2016〕12号)规定：将免征教育费附加、地方教育附加、水利建设基金的范围，由现行按月纳税的月销售额或营业额不超过3万元(按季度纳税的季度销售额或营业额不超过9万元)的缴纳义务人，扩大到按月纳税的月销售额或营业额不超过10万元(按季度纳税的季度销售额或营业额不超过30万元)的缴纳义务人。
自2016年2月1日起执行。
二、地区水利建设基金优惠政策
1、福建省
（一）对遭受严重自然灾害、严重亏损等困难的缴纳义务人，可比照《国家税务总局福建省税务局关于城镇土地使用税和房产税困难减免有关事项的公告》（国家税务总局福建省税务局公告2022年第7号）申请条件，免征上年度地方水利建设基金。
（二）对年销售额或营业额不超过120万元的缴纳义务人免征地方水利建设基金。
（三）上述优惠政策实行“免申即享”，缴纳义务人应将相关资料留存备查。
文件依据：《福建省财政厅福建省水利厅国家税务总局福建省税务局关于地方水利建设基金有关事项的通知》（闽财规〔2024〕12号）
2、广西
根据财政部授权，经自治区人民政府同意，为切实减轻企业负担，促进困难行业恢复，壮大实体经济，2022年4月1日至2026年12月31日(所属期)，对我区所有征收对象免征地方水利建设基金。
常见问题：2022年4月1日起免征地方水利建设基金后还需要申报吗？
（1）2022年4月1日至2026年12月31日（所属期）对我区所有征收对象免征地方水利建设基金，免征期间无需申报。
（2）2022年1-3月（所属期）及以前年度未申报缴费的需据实补报补缴。
（3）个体工商户为按年缴交，应在2022年6月30日前申报2022年度地方水利建设基金。
文件依据：《广西壮族自治区财政厅关于免征地方水利建设基金有关事项的通知》(桂财税[2022]11号)
